安裝 SAIGE

安裝 SAIGE v0.45

https://github.com/weizhouUMICH/SAIGE

1.設定 Python 2.7.17 環境
pip install cget

2. R
install.packages("R.utils", "Rcpp", "RcppParallel", "RcppArmadillo", "data.table", "RcppEigen", "Matrix", "methods", "BH", "optparse", "SPAtest", "SKAT","devtools")
devtools::install_github("leeshawn/MetaSKAT")

devtools::install_github("weizhouUMICH/SAIGE")
下載失敗可先將檔案下載後安裝
src_branch=master
repo_src_url=https://github.com/weizhouUMICH/SAIGE
git clone --depth 1 -b $src_branch $repo_src_url
R CMD INSTALL --library=path_to_final_SAIGE_library SAIGE

其他
1.安裝時會連上網路下載檔案
2. http://zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz 連結已變更 https://zlib.net/fossils/zlib-1.2.11.tar.gz會造成安裝失敗